Ditetapkan pada tahun 2100 di mana dunia terikat bersama oleh jaringan komputer. Anak-anak dunia menjadi Penyelam Web, menyesuaikan kesadaran mereka menjadi data, dan suka bermain bersama di taman cyber yang disebut Magical Gate. Namun, virus komputer misterius muncul mulai menghancurkan Magical Gate dari dalam ke luar. Di dunia maya, program yang disebut Web Knights telah dibuat untuk melindungi anak-anak. Tapi, virus komputer telah mengubah semua Web Knights terhadap anak-anak. Satu-satunya Web Knight yang lolos dari “brainwashing” adalah Gladion. Gladion mencari bantuan Kaito Yuki, seorang Web Diver yang berada di kelas empat.