Dua dunia, di mana salah satunya terdapat gadis pengembara dengan rambut hitam legam, pakaian serba hitam dengan mata bersinar berwarna biru. Dia bernama Black Rock Shooter. Di sisi lain, seorang siswi SMP bernama Kuroi Mato. Dunia dunia, Mato dan Black Rock Shooter. Ini adalah kisah dari “rasa sakit” mereka.